我校留学生取得新冠病毒研究新进展
近日,河南省↙核蛋白基因调控国际联合实验室(以下简称︻实验室)留学博士生Saadullah Khattak完成的一篇题为“Genome-Wide Analysis of Codon Usage Patterns of SARS-CoV-2 Virus Reveals Global Heterogeneity of COVID-19”的文章,发@表在生物医学领域国际期刊《Biomolecules》,这是该实验室发表的第3篇关于新冠病毒的英文论文。
严重急性呼∞吸综合征冠状病毒2型(SARS-CoV-2)是一种非分段、有包膜的单链ω 核糖核酸病毒,属于冠状病毒属、巢状病毒目和冠状病毒科。它是感染人类◆的冠状病毒科的第七个成员。与真核生物和原核生物相比,病毒基因组具有独特的特征,如对复制、合成和蛋白质传递的宿主依赖性。这些基本特征影响病毒的发育※、适应、存活和逃≡避宿主免疫系统监视。因此,理解︾密码子使用模式可以为进化过程、宿主适应、免疫逃避、病毒发病机制和新型冠状病毒的全球异质性提供有价值的见解。
SARS-CoV-2基因组结构的全球异质性与冠状」病毒19型的持续爆发密切相关。SARS-CoV-2全基因组异质性的成因尚未得到很好的定性,因为缺乏足够大的全球样本量的比较研究,无法将标准差降低到∑ 可接受的误差范围。为了更好地理№解SARS-CoV-2的基因组█结构,该研究对60株SARS-CoV-2的密码子使用偏好进行了综合分析,以获得其全球异质性的概况。该研△究表明,在全球范╱围内,SARS-CoV-2病毒基因组的密码子使用偏向性相对较低,几乎所有优先使用的密码子都以AU结束。由此该〖研究得出结论:SARS-CoV-2基因组主要由突变压力形成;然而,边际选择压力不容忽视。在富含A/U病毒的SARS-CoV-2基因组中,GC(42.91%±5.84%)和GC3(30.14%±6.93%)的标准差表明该病毒具有全球异质性。在确切的地理位置上,几个SARS-CoV-2病毒株起源于不同的病毒谱系也】支持这一事实。这些发现表明,全球范围内SARS-CoV-2基因组的一般根祖先是不∴同的,不同的基因组对寄主的适应水平不同。这项研究可能为SARS-CoV-2的密码子模式、宿主适应和全球异质性提供新见解。
本文第一作者和通√讯作者单位均为河南大学,博士生Saadullah Khattak为第一作者,基础医学院姬新颖教授和口腔医学院吴东栋副教授为通讯作者。
该实※验室自2017年12月获批以来,积极拓展科研资源,不断探索国际化办学◣途径,在国际汉学院、国际■合作与交流处、人事处博管办、基础医学院等部门的大力支持下,先后招收一带一路沿线外籍留学生10多名,其中博士生5名,硕士生6名,博士后2名,弥补了全日制研究生名额的不足,促进了实验室科研水平和国际化水平,为师生创建了英语交流、国际合作的微环境;实验室率先发起成立了“河南大学生物医学留学生沙龙”,开展了14期学术活动。为扎实提高留学生的培养质量,实验室导师◎组采取多种形式,全方位加强留学生实验技能、文献阅读、沟通交流、综合素质等方面的能力辅导。4年来已有2名外籍博士后顺利出站,1名硕士生毕业,其他留学生也@在积极开展课题研究。外籍留学生以第一作者身份发表英文文章13篇,获批省级博士后项目2项。
Saadullah Khattak,男,巴基斯坦籍,2013年々获得巴基斯坦Kohat大学学士学位,2015年获得巴基斯坦Hazara大学硕士学位,2017年获得中国国家留学基金委全额奖学金,进入河南大学攻读细胞生物学博士♀学位,以↓第一作者发表2篇英文论文,参与发表7篇,导师为基础医学院姬新颖教授。
文章链接:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34207362/
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